ALTERを使用するとMySQLの不明な列エラーが発生し、動作がわかりません

私も同じ問題を抱えていました。 ADDCOLUMNの前にCHANGECOLUMN（またはMODIFY COLUMN）を実行することで解決しました。

あなたの例では、次のSQLステートメントが得られます：

ALTER TABLE `logs`
CHANGE COLUMN `created` `created` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `category`,
ADD COLUMN `updated` DATETIME NULL DEFAULT NULL AFTER `created`;