ここで起こっているいくつかのこと：
まず、docker commit コードの臭いです。これは、簡単に再作成できるDockerfileを使用してビルドを自動化するのではなく、手動プロセスでイメージを作成する場合に使用される傾向があります。可能であれば、イメージを作成するためにDockerfileに移行することをお勧めします。
次に、docker commit ボリュームに加えられた変更はキャプチャされません。 また、RUNでボリュームを更新しようとすると、これと同じ問題が発生します。 Dockerfileにステップインします。これらは両方とも、コンテナーファイルシステムへの変更をキャプチャし、それらの変更をDockerイメージのレイヤーとして保存します。ボリュームは、コンテナーファイルシステムの一部ではありません。これは、docker diffを実行した場合にも表示されます コンテナに対して。この場合、アップストリームイメージはDockerfileでボリュームを定義しています：
VOLUME /var/lib/mysql
また、dockerには、Dockerfileから作成されたボリュームを元に戻すコマンドがありません。 Dockerの外部からイメージ定義を直接変更するか（非推奨）、そのステップを削除して独自のアップストリームイメージを構築する必要があります（推奨）。
mysqlイメージが提供するのは、/docker-entrypoint-initdb.dに独自のデータベース作成スクリプトを挿入する機能です。 、mysqlを拡張する独自のイメージで追加したり、ボリュームとしてマウントしたりできます。ここで、スキーマを挿入するか、開発用の既知のバックアップから初期化します。
最後に、永続性を確保することが目標である場合は、コンテナをコミットするのではなく、データをボリュームに保存する必要があります。
docker run -v mysql-data:/var/lib/mysql \
-e MYSQL_ROOT_PASSWORD=my-secret-pw -d mysql
ボリュームを使用すると、データを失うことなく、コンテナを再作成し、パッチがリリースされたときにmysqlの新しいバージョンにアップグレードできます（セキュリティ修正など）。
ボリュームをバックアップするには、これをtgzにエクスポートします：
docker run --rm -v mysql-data:/source busybox tar -cC /source . >backup.tgz
そして、ボリュームを復元するために、これはtgzからボリュームを作成します：
docker run --rm -i -v mysql-data:/target busybox tar -xC /target <backup.tgz