setup.pyと同じディレクトリにあるsite.cfgが間違ったレジストリキーを探していました。ファイルの最後にあるのは
です。# The Windows registry key for MySQL.
# This has to be set for Windows builds to work.
# Only change this if you have a different version.
registry_key = SOFTWARE\MySQL AB\MySQL Server 5.0
レジストリにアクセスして、HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ MySQL AB \を見つけ、代わりに5.1を使用していることを確認しました。
今すぐ別のエラーを報告していますが、この質問は少なくとも解決されています;)