拡張子でファイルの種類を検出するのではなく、ファイルを開いて内容を確認する必要があります。
$allowed_types = array(IMAGETYPE_GIF,IMAGETYPE_JPEG,IMAGETYPE_PNG);
if (in_array(exif_imagetype($_FILES["upload_picture"]["tmp_name"]), $allowed_types)){
//is either jpeg, png or gif
}
http://php.net/manual/en/function.exif-imagetype .php