毎日何パーセントのユーザーが参加したか（SQLクエリ）

これがあなたの望むものだと思います：

SELECT date(time),
       count(distinct userid) / cd.cnt
FROM activity_entries ae join
     (select count(distinct userid) as cnt
      from activity_entries) cd
GROUP BY date(time);

サブクエリを使用してテーブル内の個別のユーザーの総数を計算し、毎日のユーザー数を除算して比率を取得します。