JPAは、複数のテーブルの列で構成されるエンティティを許可しませんか？

私はあなたの設定をよく理解していません。

@SecondaryTable は単一のエンティティを複数のテーブルに格納するためのものですが、あなたの場合、異なるエンティティ間で多対1の関係があり（それぞれが独自のテーブルに格納されます）、次のようにマッピングする必要があります：

@Entity 
@Table(name="server") 
public class Server { 
    @ManyToOne
    @JoinColumn(name = "cluster_uuid")
    private Cluster cluster;
    ...
}