インデックスを無効にすると役立つ場合がありますが、インデックスを再度有効にすると、インデックスを再構築する必要があり、これにも長い時間がかかります。最終的には時間を節約できるとは思いません。
ただし、pt-の使用方法を学ぶことをお勧めします。 online-schema-change 。これは、アプリケーションが元のテーブルの読み取りと書き込みを続行できる間、いわばバックグラウンドでスキーマの変更を実行するツールです。
変更の実行にはおそらく時間がかかります。ただし、ダウンタイムがないため、気にしないでください。 40分ではなく2時間かかるとしましょう。アプリケーションはスキーマの変更が完了するのを待つ必要がないため、問題ありません。
私の仕事では、ダウンタイムなしで、本番環境で週に何百ものスキーマ変更を実行しています。スキーマ変更ツールは、作業の開始時と終了時にテーブルを短時間ロックする必要があります。