最も簡単なのは、IDだけのダミー/一時テーブルを用意することだと思います。 1-1000は、そのテーブルに結合したままにします。
ただし、完了したら、必ずダミー/一時テーブルから「削除された」レコードを削除してください。それ以外の場合は、毎回表示されます。
>>編集<< 自己参加して、IDが不足しているかどうかを確認できます。...
select a.id + 1 MissingIds
from <table> a
left join <table> b
on a.id = b.id - 1
where b.id is null
and a.id < 10000