mysql_num_rowsがZEROに等しい場合は機能していません

Countは値を返しますが、カウントしてmysql_num_rowsを呼び出すことはできません。どちらか一方です。

あなたができる

$isExist = mysql_query("Select count(id) from ..."); 
$r = mysql_fetch_array($isExist);
if($r['COUNT(id)'] > 0){
//item exists
}else{
//item doesnt exist
}

または、次のようにクエリを実行できる場合：

$isexist = mysql_query("select * from wcddl_filehosts where downloadid = '".$download[id]."'");
if(mysql_num_rows($isExists)>0){
//we have items
}else{
//we dont have items
}