複数のデータベース、mysqlのサーバーを接続し、お互いの両方のテーブルからクエリを実行するにはどうすればよいですか？

PHPのドキュメントによると： http://il2.php.net /manual/en/function.mysql-query.php

「リンク識別子が指定されていない場合、mysql_connect（）によって開かれた最後のリンクが想定されます。」

したがって、この場合は、$dbh2からのみデータを取得しています。

1つのクエリでやろうとしていることを実行することは不可能だと思います。結果を取得したら、結果をマージする必要があります。