プライマリインデックスを再計算する方法は？

set @pk:=0;

update 
  your_table
  set [email protected]:[email protected]+1
  order by pk;       <-- order by original pk

私の意見では、大きな代理キーを持っていても問題ありません。おそらく、許可されている最大整数をすべて使い切る可能性は低いでしょう。 unsignedを使用して2倍にすることができると考えてください。