MariaDBLIMITステートメントは制限以上のものをもたらします

クエリは1行のみを返します。これは3500未満です。

カウントされる行数を制限する場合は、それをサブクエリに入れる必要があります。

SELECT COUNT(*)
FROM (
    SELECT 1
    FROM registrations
    WHERE selectedtime IS NULL AND expirationtime < NOW()
    LIMIT 3500) AS x