「ジャンクションテーブル」の目的によって異なります。他の2つのテーブル間のすべてのレコードを結合するだけの場合は、結合を使用します。 「多対多」の相関関係が必要な場合、どの相関関係を関連付ける必要があるかを自動的に知る方法は実際にはありません。
ただし、結合をシミュレートし、すべての関係を多対多のテーブルに単純に「プリロード」する場合（後で無効化または操作できるデフォルトの関係が必要な場合に便利です）、そのためのトリガーを使用できます。
とにかく、MySQLは単一のクエリで複数のテーブルに挿入できないため、テーブルごとに個別のクエリを使用する必要があります。