ここで試してみましたが(100%自信がありません)、次のように宛先列を追加してみましたか:
mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."'
INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ','
OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"'
LINES TERMINATED BY '\n'
(tracking_number,order_id)");
テーブルに3つの列があり、2つのデータのみを提供しています。