Pythonでリストを生成し、それをmysqlデータベースに保存する際の問題

リストを追加するのではなく、上書きしているようです。

for site in sites:
    items = [site.select('//h2').extract()]
    item = [site.select('//h3').extract()]
    meta = [site.select('//meta').extract()]

次のように変更することをお勧めします：

for site in sites:
    items.append(site.select('//h2').extract())
    item.append(site.select('//h3').extract())
    meta.append(site.select('//meta').extract())