MySQLまたはPHPを使用して重複エントリを防ぐ適切な方法

一時テーブルを使用できます。 phpアプリにすべてを一時テーブルに挿入してから、この種のロジックを使用してクエリを呼び出します。

insert into mainTable 
(field1, field2, etc)
select field1, field2, etc
from tempTable 
where (subquery to check for existing records goes here)

または、try/catchを使用することもできます。私はphpの構文を知りませんが、他の多くの言語がこの種のことを実行できるので、phpも同様に実行できると期待しています。

try
code to insert record
catch
if the error code is the one for duplicate records, do nothing.
if it's something else, handle it accordingly.