Green-DAOで双方向1：mを処理する正しい方法

この方法で試してください：

Conversation conv = new Conversation();
ConversationDao.insert(conv);
List<Message> list = conv.getMessageList();

Message msg = new Message();
msg.setParent(conv.getId()); // Set FK *before* inserting
MessageDao.insert(msg);

list.add(msg);

リレーションに関する公式ドキュメントには、「To-Manyリレーションの解決と更新」のセクションがあり、これに関する背景情報が記載されています。