PHPのwhileループが2つに分割されました

これは非常に簡単です。あなたの質問を正しく理解したと思います：

$i = 0;
while ( ( $row = mysql_fetch_object( $result ) ) !== false ) {
    if ($i < 3) {
        // First code
    } else {
        // Second code
    }
    $i += 1;
}