MySQLは選択した行のみを結合します

あなたができる

SELECT SUM(netto)
FROM   invoices
       LEFT JOIN invoices_elements
         ON invoices_elements_code_invoices_id = invoices_id
            AND invoices_elements_enable = 1
WHERE  invoices_enable = 1
GROUP  BY invoices_elements_code_invoices_id  

invoices_elements_enable = 1の制限に注意してください ONにあります クエリがinner joinに変換されないようにする句 。