正規化されたテーブルから全体的に最も人気のあるタグを取得するにはどうすればよいですか？

クエリに簡単な変更を加えることができます：

SELECT t.id, t.tag, COUNT(*) AS cnt
FROM tags_xref xrf INNER JOIN
     tags t
     ON xrf.tag_id = t.id
GROUP BY t.id, t.tag
ORDER BY COUNT(*) DESC
LIMIT 20;

おそらく、さまざまなIDはNULLです それらが適切でない場合。奇妙な理由で、特定の外部参照の3つのIDすべてに実際に値を格納した場合は、次のことができます。

SELECT t.id, t.tag,
       (COUNT(story_id) + COUNT(discussion_id) + COUNT(article_id) ) AS cnt
FROM tags_xref xrf INNER JOIN
     tags t
     ON xrf.tag_id = t.id
GROUP BY t.id, t.tag
ORDER BY cnt DESC
LIMIT 20;