PHPとMySQLを使用してマルチレベルのJSONを作成する

JSON_OBJECT 文字列としてPHPに返されます（ prodigitalson コメント）

すべてのデータを連想配列として使用する必要があります。

そのために、投稿した例では、json1 json_decodeを介して渡す必要があります 。

while ($row = mysqli_fetch_assoc($result)) {
        $row['json1'] = json_decode( $row['json1'], true ); // <----
        $resultArray[] = $row;
}
return $resultArray;

これで、目的の結果が得られるはずです：

echo json_encode($resultArray);