別のテーブルで並べ替えられたmysqlテーブルから値を取得する方法は？

ref_typesテーブルにReferenceType列があることに加えて、対応するテーブルの実際のIDを外部キー 。

//ref_types table
ID Article_ID ReferenceType Reference_ID
1  1          book          1
2  1          article       1
3  1          article       2
4  1          book          2

次に、WHILEループを回避し、MySQLにJOINを使用して作業を任せることができます：

SELECT CONCAT('record ', rt.ID, ': ',
  COALESCE(ar.Article_Title, tr.Thesis_Title, br.Book_Title))
FROM ref_types rt
LEFT JOIN article_refs ar
  ON rt.ReferenceType = 'article' AND ar.ID = rt.Reference_ID
LEFT JOIN book_refs br
  ON rt.ReferenceType = 'book' AND br.ID = rt.Reference_ID
LEFT JOIN thesis_refs tr 
  ON rt.ReferenceType = 'thesis' AND tr.ID = rt.Reference_ID

結果が得られます：

record 1: book1
record 2: article1
record 3: article2
record 4: book2