INSERT INTO ON DUPLICATEKEYUPDATEに内部結合とwhere句を追加する

あなたが何をしたいのか正確にはわかりません。ただし、任意のselectを配置できます insert . . . select ステートメントを使用し、引き続きon duplicate key updateを使用します 。例：

insert into Table1(field1, field2)
    select 1, 2
    from table1 t1 join
         table2 t2
         on t2.id = t1.field_id
    where t2.addr = '123456'
    on duplicate key update field1 = 1, field2 = 2;