PDO：ループでprepare（）を呼び出すコストは？

同じクエリを複数回「再準備」したくないでしょう。これがprepareステートメントの目的です。一度準備し、変数をバインドしてから、変数の値を切り替えて、ループの各反復を再実行するだけです。

http://www.php.net/manual/en/pdostatement.bindparam .php

このようにすると、他の方法よりもパフォーマンスが大幅に向上します。