これがテストシステムなのか本番なのかはわかりませんでした。プロダクションだと思います。
テーブルのインデックス（またはロット全体）がメモリに収まらないサイズになっている可能性があります。
これは、InnoDBが挿入中にページを読み込む必要があることを意味します（新しい行のインデックス値の分布によって異なります）。ページの読み取り（ランダム読み取り）は非常に遅いため、可能であれば避ける必要があります。
パーティショニングは最も明白な解決策のように思えますが、MySQLのパーティショニングはあなたのユースケースに合わないかもしれません。
考えられるすべてのオプションを確実に検討する必要があります。テーブルをラボのテストサーバーに移動して、その動作を確認してください。
主キーはおそらく必要ないように見えます（別の一意のインデックスがあります）ので、それを排除することは1つのオプションです。
また、innodbプラグインと圧縮についても検討してください。これにより、innodb_buffer_poolがさらに進化します。
ユースケースを分析して、このすべてのデータを実際に保持する必要があるかどうか、およびパーティショニングが賢明なソリューションであるかどうかを判断する必要があります。
このアプリケーションに変更を加えると、ユーザーに新しいパフォーマンスの問題が発生する可能性があるため、ここでは十分に注意する必要があります。挿入のパフォーマンスを向上させる方法を見つけた場合、検索のパフォーマンスや他の操作のパフォーマンスが低下する可能性があります。このような変更をリリースする前に、製品グレードのハードウェアで徹底的なパフォーマンステストを行う必要があります。