問題は、テーブルが破損していることではありませんでした。 group byを実行すると、mysqlは一時テーブルを作成します。テーブルが非常に大きいため、一時テーブルは10GBを超えるディスクスペースを必要とします。ディスクが100％いっぱいになると、エラーメッセージが表示されます。
コマンドーを使用してディスクスペースを確認しました：
df -h /dev/root
そのため、MySQL構成（my.ini）で、一時テーブルが格納される場所（tmpdir）を十分な空きディスク容量のあるパーティションに変更しました。
これで、クエリは正常に実行されます