マッピングをxml/ymlからアノテーションに変換した場合は、必ず古いマッピングファイルを削除してください。
この例では、次のように実行しています：php app/console doctrine:mapping:convert annotation
変換するには：AppBundle\Resources\config\doctrine\MyEntity.doctrine.xml
このファイルにインラインで注釈に追加：AppBundle\Entity\MyEntity.php
アノテーションを使用する前にxmlマッピングを使用しているため、エラーがスローされます。xmlを削除すると、問題がないはずです。