from句またはwhere句で等結合を行う方がよいですか

一般的に言えば、意味的な違いはありません。

ただし、それが可能なエッジケースが1つあります。 （非推奨）GROUP BY ALL 以下に示すように、構成がクエリに追加されます。

DECLARE @A TABLE(A_ID INT, DURATION DECIMAL(3,2) )
INSERT INTO @A VALUES(1,2.00)

DECLARE @B TABLE(A_ID INT)
INSERT INTO @B VALUES(1)

/*Returns one row*/
SELECT *
FROM @A A
INNER JOIN @B B ON A.A_ID = B.A_ID
WHERE A.DURATION = 3.00
GROUP BY ALL A.A_ID, A.DURATION, B.A_ID

/*Returns zero rows*/    
SELECT *
FROM @A A
INNER JOIN @B B ON A.A_ID = B.A_ID  AND A.DURATION = 3.00
GROUP BY ALL A.A_ID, A.DURATION, B.A_ID