IsNull が合体 (同じクエリ) の 2 倍遅いのはなぜですか?

ケースを明示的に分割することで改善が見られるのではないかと思います:

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AND ((t1.vchCol1 = t2.vchCol1) OR (t1.vchCol1 IS NULL AND t2.vchCol1 IS NULL))
AND ((t1.vchCol2 = t2.vchCol2) OR (t1.vchCol2 IS NULL AND t2.vchCol2 IS NULL))
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