機能しない理由は、実際には 2 つのステートメントを順番に実行しているためです。コードを次のように考えてください:
DECLARE @ClientID varchar = 'ClientA'
DELETE FROM Global.dto.ClientUsers;
SELECT ClientID, UserID FROM Global.dto.ClientUsers WHERE example@sqldat.com
EXCEPT
SELECT example@sqldat.com, UserID FROM ClientA_DB.dbo.Users;
Delete を変更したい場合 文の後に Where を付ける必要があります 、 Join など
必要な結果を得るための代替方法については、DELETE での T-SQL EXCEPT の使用 / クエリの最適化