何が悪かったのかわかります。クエリの最後で、最後にのみ注文する必要があります。クエリが終了したと思われるため、エラーが発生しました。
Select <column1>
,<column2>
,<aggregate column3>
From <Table1>
<Some joins in there>
Where <conditions>
group by <column2>, <column1>
union
select <column2>
,<column3>
,<aggregate column4>
From <Table2>
<Some more joins here>
Where <conditions>
group by <column2>, <column3>
order by <column2>
それがトリックでした。