同じ問題が発生し、書式設定/構文の強調表示を行うための軽量のPHPクラスを作成しました。
https://github.com/jdorn/sql-formatter
複雑なクエリ(副選択、結合など)で完全にテストしていませんが、一般的なケースではかなりうまく機能しているようです。
完全に正確な結果を得るには、phpMyAdminが使用するような完全なSQLパーサーが本当に必要ですが、それは多くのファイルに分散された10,000行以上のコードを使用し、単純なデバッグにはおそらくやり過ぎです。