バージョン3.5.8.2をインストールするだけです。 http://docs.phpmyadmin.net/en/latestを参照してください/setup.html#quick-install 。
バージョン4に固有のphpMyAdmin構成ストレージテーブルをインストールしていない場合は、他に何もする必要はありません。もちろん、phpMyAdminにアクセスするために使用しているURLと、バージョン4.0を自分でインストールしたか、事前にパッケージ化されたインストールを使用したかによって異なります。
そうすることでデータベースが失われる理由がわかりません。