Mysqlのバージョンはphpmyadminで異なります

php-mysqlを削除し、php-mysqlndをインストールしてみてください。次のコマンドで自動的に実行されます

sudo add-apt-repository ppa:nijel/phpmyadmin
sudo apt-get update
sudo apt-get install php5-mysqlnd

sudo apt-get --purge --reinstall install phpmyadmin

または、phpmyadminを再インストールしてみてください