Mongooseがサブドキュメント配列アイテムの_idプロパティを作成しないようにします

簡単です。これはサブスキーマで定義できます：

var mongoose = require("mongoose");

var subSchema = mongoose.Schema({
    // your subschema content
}, { _id : false });

var schema = mongoose.Schema({
    // schema content
    subSchemaCollection : [subSchema]
});

var model = mongoose.model('tablename', schema);