PHP / mongoclient + Apache + MongoDBには、Apacheプロセスによって無効な永続接続が開いたままになるという既知の問題があります。
ApacheWebサーバーを再起動してみてください。
何が起こるか：
- Apacheは、通常のリクエスト中にMongoDBサーバーへの接続を開きます。
- おそらく、ある時点でMongoDBサーバーを再起動しました
- Apache / PHPは、MongoDBの再起動中に接続が閉じられたことを認識せず、以前に開いた永続的な接続を保持します
この問題を回避する唯一の方法は、Apacheを再起動することです（すべてのワーカースレッドを強制終了し、新しい接続を作成します）。
これでうまくいくかどうか教えてください。