マングースは、物事の「コレクション」のこの良い習慣を複数形の名前と見なしているため、モデルの名前を複数形にします。これは、コードで現在探しているものが、期待どおりの「ユーザー」ではなく「ユーザー」と呼ばれるコレクションであることを意味します。
モデル定義で必要なコレクションの特定の名前を指定することにより、このデフォルトの動作をオーバーライドできます。
var userModel = mongoose.model('user', userSchema, 'user');
3番目の引数は、モデル名に基づいて決定されるものではなく、使用されるコレクション名です。