ここで2つの可能性:
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コメントの一意の識別子がないため、comments配列の特定の項目を更新する唯一の方法は、次のように、更新するインデックスを明示的に示すことです。
db.documents.update( { _id: "iL9hL2hLauoSimtkM"}, { $push: { "comments.0.likes": "userID3" }} );
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コメントに一意の識別子を追加すると、インデックスを気にすることなく、コメントを検索して一致したアイテムを更新できます。
db.documents.update( { _id: "iL9hL2hLauoSimtkM", "comments._id": "id1"}, { $push: { "comments.$.likes": "userID3" }} );