配列内のアイテムの数に制限はないので、問題はありません。配列がドキュメント内に埋め込まれている場合は、次の項目を確認してください。
http://groups.google.com/group/mongodb-user/browse_thread/thread/4a7caeba972aa998?fwc=1
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http://groups.google.com/group/mongodb-user/browse_thread/thread/28ae76e5ad5fcfb5