Populateメソッドの必須パラメーターのみを明示的に指定できます:
WizardModel
.find({})
.populate({path: 'spells', options: { sort: [['damages', 'asc']] }})
http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-populateHereは、上記のリンクの例です。
doc
.populate('company')
.populate({
path: 'notes',
match: /airline/,
select: 'text',
model: 'modelName'
options: opts
}, function (err, user) {
assert(doc._id == user._id) // the document itself is passed
})