パフォーマンスの面では、違いはせいぜい小さいでしょう。電子メールアドレスは一意であるため、電子メールフィールドを持つ複合インデックスは、電子メールアドレスのみのインデックスよりも役立つことはありません。この理由は、電子メールフィールドにはすでにコレクションの最大カーディナリティがあり、それ以上のインデックスフィールドは、電子メールフィールドだけで常に正しいドキュメントに到達するため、データベースがレコードをより迅速にフィルタリングするのに役立ちません。
メモリ使用量（MongoDBなどのデータベースにとって非常に重要）に関しては、電子メールインデックスだけでもはるかに小さくなります。
TL; DR：電子メールアドレスのインデックスのみを使用してください。