2つのレベルを設定することは可能ですか？

2つのステップでそれを行う必要があります。最初に入力するsurvey 、次にsurvey.userにデータを入力します Model.populateへの別の呼び出しを使用する ：

questions.findOne({_id: '0000'})
    .populate('survey')
    .exec(function(err, question) {
        questions.populate(
            question,
            { path: 'survey.user', model: 'User'},
            function(err, question) {...});
    });