MongoDBが不明なキーでコレクションを検索

「$where」句を使用してみてください：

db.items.find({"$where" : function(){ 
    for( var c in this ){
        if( c == "rgDescriptions" ){ 
            for(var i in this[c]){ 
                 for(var j in this[c][i]){
                      if(j == 'name_color' && this[c][i][j] == '8650AC'){
                           return true;
                      }
                 }
             }
        };
     }
     return false; 
}});

ただし、この句は「遅い」ソリューションであるため、各ドキュメントをBSONからJavascriptオブジェクトに変換してから、「$where」式を実行する必要があることに注意してください。