MongoとNode.js：UUID（GUID）を使用して_idでドキュメントを検索する

わかりました。base64文字列をノード内でGUID形式に変換するための解決策を見つけました。これを変換するには、次のようにする必要があります。

var mongo.require('mongodb');
var GUID = new mongo.Binary(new Buffer(<base65String>, 'base64'), 3);

これで、次のようにデータベースにクエリを実行できます。

collection.findOne({'_id' : GUID}, function(err, item) {
                    res.send(item);
                });