JSON.stringifyは通常、空のオブジェクトを削除しないため、これはマングース固有です。
.toObject()または.toJSON()を試すことをお勧めします
http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toObject
これは.stringify中に呼び出されるため、空のオブジェクトを切り取っている可能性があります。 http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-toJSON
したがって、最初にこれを試してください:
JSON.stringify(obj.toObject());