これは権限の問題です。サービスを介して開始するとmongod（またはmongodbなど）ユーザーとして実行され、sudoまたはrootとして呼び出しを使用している場合はrootとして実行されている可能性があります（上記のコメントでこれを確認します）。そのフォルダ内のすべてのファイルの権限を修正する必要があり、rootとしてサービスを開始しないでください。
投稿した内容に基づいてファイルを修正するには、関連するユーザーがmongodbで、グループがmongodbであると仮定して、sudo（またはroot）を使用して次のようにします。システムの適切なユーザーの代わりに使用します。
chown -R mongodb:mongodb /var/lib/mongo
chown -R mongodb:mongodb /var/run/mongodb
chown mongodb:mongodb /var/log/mongo/mongod.log
これらのフォルダの権限を修正すると、サービスを介して再開できるようになります。注：ls -al /var/lib/mongoの出力を投稿する場合 次に、実行する必要のある正確なコマンドを提供できます