サイズを気にする必要はありません。チャンクサイズが256kbであっても、50kbのドキュメント(電子メールを含む)は50kb(+わずかなオーバーヘッド)を使用します。
チャンクサイズはドライバーで構成されます。たとえば、PHPドライバーを使用すると、次のようになります。
$gridFs->storeFile( 'filename.txt', array( 'chunkSize' => 50 * 1024 ) );
また、Javaドライバーでは、 setChunkSize GridFSInputFile 。
ただし、一般的には、chunkSizeについて心配する必要はありません。