{"macID" : {$in : [1,2]}} 2つのドキュメントを検索しているという意味ではありません（"macID" : 1 および"macID" : 2 ）、macIDを持つドキュメントを検索していることを意味します 1に等しい または2 。
したがって、upsert: true MongoDBに、2つではなく1つのドキュメントのみを作成するように指示します。
複数の更新リクエストを提供する必要があります（bulkWrite
を使用してください updateOneを使用 updateManyではありません 。