TypeErrorを解決する方法：callback.applyは関数ではありませんか？

使用している引数が多すぎます。

これを変更します：

viewerObj.update({_id: currentIDViewerVar} , {minutesWatched: 5},{upsert:true}  , function (err,result) {

      if (err) throw err;
      console.log("Viewer " + userNameVar + " gespeichert");
      console.log("minsWatched" +minsWatched);
});

これに：

viewerObj.update({_id: currentIDViewerVar, minutesWatched: 5}, {upsert:true}, function (err,result) {

      if (err) throw err;
      console.log("Viewer " + userNameVar + " gespeichert");
      console.log("minsWatched" +minsWatched);
});

ドキュメントを参照してください：

• http://mongoosejs.com/docs/api.html#document_Document-更新