これは、アプリケーションコードで、ドキュメントにクエリを実行し、ネストされたすべてのドキュメントをループすることによって、自分で行う必要があります。その後、MongoDBに保存し直します。
これで競合状態を防ぐために、 http://www.mongodb.org/display/DOCS/Atomic+Operations
現在、この機能をMongoDBに追加するためのオープンチケットがあります。賛成票を投じることができます： https://jira.mongodb.org/browse/サーバー-1243